Um 1200, wohl im Zusammenhang mit der Eröffnung der Schöllenen und dem Aufschwung der Gotthardstrasse als internationale Transitroute, welche ursprünglich ihren nördlichen Ausgangspunkt in Seedorf hatte, erlebte die Ortschaft einen grossen Aufschwung. In dieser Zeit entstand der feudale Turm und wohl auch die Kirche im Unterdorf. Im Oberdorf gründete Ritter Arnold von Brienz das Kloster St. Lazarus, welches vom ritterlichen Lazariterorden bewohnt wurde, der sich der Pflege von Pilgern und Kranken annahm. Durch die Verlagerung des Verkehrs von Seedorf nach Flüelen schwand auch die Bedeutung des Ortes. Das Lazariterkloster starb 1526 aus. Eine neue Förderung ging von der Wiederbelegung des Klosters durch Benediktinerinnen im Jahre 1559 aus. Sie erweiterten die Gebäude und die Klosterkirche 1682 – 1724 zu einer kunstvollen Barockanlage, wo das monastische Ideal bis auf den heutigen Tag gepflegt wird. Die am Gotthardhandel beteiligte Familie A Pro erwarb im 16. Jahrhundert in Seenähe ausgedehnten Grundbesitz, errichtete Warenniederlagen und erbaute 1556 – 1558 das nach ihrem Namen bezeichnete Wasserschlösschen. Die A Pro förderten auch die Kirche, welche als Filiale von Altdorf immer noch um ihre Selbständigkeit kämpfte. 1591 erfolgte die Loslösung. Seedorf war nun eine vollwertige Pfarrei. Die Pfarrkirche St. Ulrich und St. Verena erfuhr 1690 ihre bis heute im wesentlichen gültige architektonische Umgestaltung. Die Ausstattung mit Stukkaturen und Malereien entstand in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts. Die Korrektion der Reuss 1850 – 1863, die Verbauung des Palanggenbaches seit 1888 sowie die Melioration der linksseitigen Reussebene in der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts schufen neues Landwirtschafts- und Siedlungsgebiet.